Saaristoyhteistyö on yksi Pohjoismaiden ministerineuvoston yhdestätoista rajatylittävistä yhteistyöalueista, jotka kuuluvat Aluepolitiikan pohjoismaisen virkamieskomitean (NÄRP) alaisuuteen. Pohjoismaiden ministerineuvosto on rahoittanut Saaristoyhteistyötä vuodesta 1978.

Saaristoyhteistyö kattaa maantieteellisesti Tuhkolman, Södermanlandin ja Uppsalan läänin saaristo-osat, Ahvenanmaan maakunnan kokonaisuudessaan sekä Varsinais-Suomen ja Läntisen Uudenmaan saaristoalueet. Käytännössä saaristoyhteistyö perustuu kahdentoista alueellisen viranomaisen yhteistyöhön, jonka tavoitteet on määritelty kumppanuussopimuksessa. Saaristoyhteistyön korkein päättävä elin on yhteistyönevosto jonka päätöksiä toimeenpanevat yhteistyöhallitus ja sihteeristön yhteistyöjohtaja. Ahvenanmaan maakuntahallitus vastaa Saaristoyhteistyön henkilöstö- ja taloushallinnosta.

Saaristoyhteistyön tehtävänä on toimia kolmen saaristoalueen yleisenä yhteydenpito- ja yhteistyöelimenä. Toiminnan keskeinen muoto on rajan ylittävien hankkeiden ja tapahtumien ideointi, rahoitus ja toteuttaminen. Ruotsin ja Suomen liittyessä EU:hun saaristoalueista muodostettiin Interreg-ohjelmaalue. Saaristoyhteistyö on toiminut keskeisenä suunnittelijana ja yhteyksien luojana saaristojen Interreg yhteistyössä.