Skärgårdssamarbetet är ett av Nordiska ministerrådets elva gränsregionala samarbetsområden, vilka sorterar under Nordiska Ämbetsmannakommittén för Regionalpolitik (NÄRP). Skärgårdssamarbetet har erhållit finansiering från Nordiska ministerrådet sedan 1978.

Skärgårdssamarbetet omfattar skärgårdsdelarna i Stockholms, Södermanlands och Uppsala län, landskapet Åland samt Egentliga Finlands och Västra Nylands skärgårdar. Skärgårdssamarbetet baserar sig i praktiken på ett genom avtal definierat partnerskap mellan tolv regionala myndigheter. Skärgårdssamarbetets högsta beslutande organ är Samarbetsrådet, vars beslut verkställs av Samarbetsstyrelsen och samarbetschefen. Ålands landskapsregering handhar Skärgårdssamarbetets personal- och ekonomiadministration.

Skärgårdssamarbetets uppgift är att fungera som ett allmänt samarbets- och kontaktorgan i de tre skärgårdsregionerna. En central form för verksamheten är att initiera, finansiera och förverkliga gränsöverskridande projekt och evenemang i samarbetsområdet. I samband med Finlands och Sveriges inträde i EU 1995 kom skärgårdsområdet i åtnjutande av EU-stöd genom Interreg-programmet. Skärgårdssamarbetet har fungerat som en central aktör i och kontakskapare för Interreg-samarbetet.