Skärgårdssamarbetet är ett nordiskt myndighetssamarbete som omfattar skärgårdsdelarna i Stockholms och Uppsala län, Ålands skärgårdskommuner samt Egentliga Finlands och Nylands skärgårdar. Samarbetet inleddes år 1978 och har delfinansierats av Nordiska ministerrådet sedan starten till och med 2011.

Skärgårdssamarbetet baserar sig i praktiken på ett avtal om partnerskap mellan olika regionala myndigheter. Skärgårdssamarbetets högsta beslutande organ är Samarbetsrådet, vars beslut verkställs av samarbetsstyrelsen och samarbetschefen.

Rådets ordförande (2012) är Risto Ervelä, verksamhetsledare för Egentliga Finlands Centerparti, och styrelseordförande är Lena Nyberg, VD för Skärgårdsstiftelsen.

Från och med 1.2.2012 är Ester Miiros från Åland samarbetschef.

Skärgårdssamarbetets uppgift är att fungera som ett allmänt sammanbindande samarbets- och kontaktorgan i de tre skärgårdsregionerna. Visionen enligt handlingsplanen 2010-12 är:

"Skärgårdssamarbetet ... arbetar för att regionens specifika karaktär kan utvecklas och bevaras på ett hållbart sätt till nytta både för den fast bosatta befolkningen och för besökare".

Aktuella teman för år 2012 är:

• Utveckla skärgårdens näringsliv och entreprenörskap (speciellt fokus på unga och besöksnäringen)
• Bidra till hållbara och klimatvänliga lösningar (fokus förbättring av den marina miljön) Green Islands  http://greenislands.se/about-project/om-projektet/
• Främja en positiv demografisk utveckling
• Vårda och utveckla skärgårdskulturen