Nordiska skärgårdssamarbetets högsta beslutande organ är Rådet. Samarbetsrådet består av totalt högst 21 ledamöter, varav högst sju från var och en av de tre delregionerna.
Rådets mandatperiod följer mandatperioderna för de organ som utser representanter.
Rådet skall hålla minst ett ordinarie sammanträde per år.
Ålands representation utses enligt följande:
| Åland | 4 ledamöter |
Finlands representation utses enligt följande:
| Egentliga Finlands förbund | 4 ledamöter |
| Nylands förbund | 1 ledamot |
| NTM-centralen i Egentliga Finland | 1 ledamot |
|
Nylands NTM-central
|
1 ledamot
|
| Kymmenedalens Förbund | 1 ledamot |
Sveriges representation utses enligt följande:
| Region Stockholm | 3 ledamöter |
| Länsstyrelsen i Stockholms län | 2 ledamöter |
| Regionförbundet Sörmland | 1 ledamot |
| Länsstyrelsen i Uppsala län | 1 ledamot |
| Region Östergötland | 1 ledamot |