Ansökningar 
Skärgårdssamarbetet erhåller årligen bidrag från Nordiska ministerrådet och olika regionala myndigheter i de tre skärgårdsregionerna. Juridiska personer och enskilda kan anhålla om finansiering för gränsregionala, skärgårdsrelaterade evenemang och projekt av Skärgårdssamarbetet.

Bidrag för enskilda evenemang
Skärgårdssamarbetet kan bevilja bidrag för enskilda evenemang och aktiviteter. En fritt formulerad ansökan med en kortfattad beskrivning av verksamhetens innehåll och målsättningar samt budget lämnas till sekreteriatet. Ansökan behandlas av Samarbetsstyrelsen.

Finansiering av projekt
Skärgårdssamarbetet kan bevilja finansiering för gränsregionala projekt. Ur ansökan bör tydligt framgå Skärgårdssamarbetets roll i projektet samt den ansökta summan fördelad per år. Ansökan inlämnas till sekretariatet. Ansökan behandlas av samarbetsstyrelsen. Tag i ett tidigt skede av projektplaneringen kontakt med Skärgårdssamarbetets sekretariat gällande möjligheten till finansiering från Skärgårdssamarbetet.