Skärgårdssamarbetets huvudmän är Ålands landskapsregering, Egentliga Finlands förbund, Nylands förbund, Sydvästra Finlands miljöcentral, Länsstyrelsen i Västra Finlands län, TE-Centralen i Egentliga Finland, Länsstyrelserna och landstingen i Stockholms, Södermanlands och Uppsala län.